Марко Бошнаков е роден во 1878 година во Охрид. Основното образование го завршил во родниот град, а школувањето го продолжил во Солунската егзархиска машка гимназија. Уште како ученик се запознал со идеите на Македонската револуционерна организација, кон кои рано се определил.
Во 1900 година се приклучил на Внатрешната македонско-одринска револуционерна организација (ВМОРО), а за време на школувањето во Солун станал член на револуционерниот кружок „Гемиџии“, составен од група млади револуционери кои планирале спектакуларни акции со цел да го привлечат вниманието на европската јавност кон македонското прашање.
Во подготовките за Солунските атентати во 1903 година, Марко Бошнаков имал една од најодговорните задачи. Тој изнајмил нов дуќан спроти Отоманската банка, кој служел како прикритие за ископување тунел под темелите на зградата. Оваа акција овозможила успешно минирање на банката, што претставувало една од најзначајните операции на Гемиџиите.
За време на самите атентати, заедно со Владимир Пингов, се обидел да ги минира Топхането и хотелот „Вардар“. Во престрелката со турскиот аскер, Пингов загинал, а Марко Бошнаков бил заробен. Заедно со него биле уапсени и Павел Шатев, Георги Богданов и Милан Арсов.
На 24 мај 1903 година бил осуден на смрт, но подоцна казната му била заменета со доживотен затвор. Заедно со останатите преживеани Гемиџии бил испратен на заточение во Фезан, во тогашната османлиска провинција Либија, каде условите за живот биле исклучително тешки.
На 14 февруари 1908 година, Марко Бошнаков починал во Мурзук, во областа Фезан, од маларија (мочуришна треска).
Според сведоштвото на Павел Шатев, по неговата смрт успеал да ја зачува и пренесе неговата глава, која подоцна им била предадена на родителите на Бошнаков. Таа била погребана на гробиштата при црквата „Света Богородица Перивлепта“ во Охрид.
Хронологија
1878 – Роден во Охрид.
1900 – Станува член на ВМОРО.
1902 – Станува член на кружокот „Гемиџии“.
1903 – Учествува во подготовката и изведувањето на Солунските атентати.
24 мај 1903 – Осуден на смрт, подоцна казната е заменета со доживотен затвор.
1903 – Испратен на заточение во Фезан, Либија.
14 февруари 1908 – Починува во Мурзук од маларија.
Историско значење
Марко Бошнаков е еден од најзначајните членови на Гемиџиите, револуционерната група која со Солунските атентати во 1903 година успеала да го сврти вниманието на европската јавност кон македонското прашање. Неговата улога во подготовката на тунелот под Отоманската банка била од клучно значење за успехот на акцијата. Со својата пожртвуваност, долгогодишното заточение и смртта во далечниот Фезан, Марко Бошнаков останува една од највпечатливите личности во историјата на македонското револуционерно движење.