Александар Протогеров е роден на 23 февруари 1867 година во Охрид. Основното образование го стекнал во родниот град, а потоа школувањето го продолжил во Софија, каде што во 1887 година го завршил Военото училиште.
Уште како питомец учествувал како доброволец во Српско-бугарската војна (1885), по што ја продолжил својата воена кариера во бугарската армија. Благодарение на своите способности постепено напредувал во офицерските чинови.
Кон крајот на XIX век активно се вклучил во македонското ослободително движење. Бил член на Врховниот македонски комитет (ВМК) и како војвода учествувал во вооружените акции во Горноџумајско, давајќи значаен придонес во подготовките за ослободителната борба.
За време на Илинденско-Преображенското востание во 1903 година учествувал како војвода, соработувајќи со револуционерните сили во Македонија.
Во 1911 година бил избран за резервен член на Централниот комитет на ВМОРО, со што станал дел од највисокото раководство на Организацијата.
За време на Балканските војни (1912–1913) бил член на Штабот на Македонско-одринското ополчение, каде што учествувал во планирањето и раководењето на воените операции.
Во Првата светска војна ја извршувал должноста заменик-началник на Македонската воено-инспекциска област, а за својата служба бил унапреден во чин генерал-лајтнант на бугарската армија.
По завршувањето на војната, во декември 1919 година, заедно со Тодор Александров и Петар Чаулев, учествувал во обновувањето на ВМРО. Како член на Централниот комитет, бил еден од највлијателните водачи на Организацијата во меѓувоениот период.
Во 1924 година бил меѓу потписниците на Мајскиот манифест, документ со кој се настојувало да се надминат поделбите во македонското револуционерно движење. По повлекувањето на Манифестот, несогласувањата во раководството на ВМРО дополнително се продлабочиле.
По убиството на Тодор Александров, Протогеров останал еден од водачите на Организацијата. Подоцнежните внатрешни конфликти меѓу неговите приврзаници и групата на Иван Михајлов довеле до сериозни поделби во ВМРО.
На 7 јули 1928 година, Александар Протогеров бил убиен во Софија од атентатор поврзан со ВМРО, во рамките на внатрешните пресметки што ја потресувале Организацијата во тој период.
Хронологија
23 февруари 1867 – Роден во Охрид.
1885 – Доброволец во Српско-бугарската војна.
1887 – Го завршува Военото училиште во Софија.
Крајот на XIX век – Член на Врховниот македонски комитет.
1903 – Војвода за време на Илинденско-Преображенското востание.
1911 – Избран за резервен член на Централниот комитет на ВМОРО.
1912–1913 – Член на Штабот на Македонско-одринското ополчение.
1915–1918 – Заменик-началник на Македонската воено-инспекциска област.
1919 – Учествува во обновувањето на ВМРО.
1924 – Потписник на Мајскиот манифест.
7 јули 1928 – Убиен во Софија.
Историско значење
Александар Протогеров е еден од најистакнатите војводи, воени раководители и членови на Централниот комитет на ВМОРО и ВМРО. Како офицер, учесник во Илинденско-Преображенското востание, член на Штабот на Македонско-одринското ополчение, генерал во Првата светска војна и еден од обновувачите на ВМРО по 1919 година, оставил значајна трага во македонското револуционерно движење.
Неговото име е неразделно поврзано и со внатрешните политички поделби во Организацијата во дваесеттите години на XX век, кои завршиле со неговото убиство во 1928 година.