Иван Јонко Вапцаров е роден во Банско во 1880 година.
Основното образование го завршил во родниот град, а во 1896 година се вклучил во редовите на Внатрешната Македонска Револуционерна Организација (ВМРО). Набргу бил избран за секретар на Банскиот револуционерен комитет и активно учествувал во револуционерната дејност во Разлошко.
Бил еден од учесниците во познатата Афера „Мис Стоун“, а во 1902 година станал војвода на чета во родниот крај.
По Илинденското востание во 1903 година бил уапсен и затворен во Солун. Слобода добил по Младотурската револуција во 1908 година.
За време на Балканската војна бил војвода на чета во составот на Македонско-одринското ополчение. Заедно со четите на Христо Чернопеев, Пејо Јаворов и Лазар Колчагов учествувал во ослободувањето на Банско, Мехомија и Кавала. По ослободувањето на родниот крај бил назначен за околиски началник на Разлошката околија.
По Првата светска војна активно учествувал во обновувањето на ВМРО. По расцепот на Организацијата во 1928 година бил на страната на десното крило, но по убиството на Александар Протогеров не застанал целосно зад раководството на Иван Михајлов. Поради тоа, во пролетта 1929 година бил организиран обид за негова ликвидација, по што се преселил во Њујорк.
Во Бугарија се вратил во 1930 година. Во 1933 година бил киднапиран од михајловистичка чета, но бил ослободен по државниот удар од 19 мај 1934 година.
Иван Јонко Вапцаров е татко на познатиот поет Никола Вапцаров.
Починал на 17 јануари 1939 година во Софија.
Со својата долготрајна револуционерна активност, Иван Јонко Вапцаров оставил значајна трага во македонското национално-ослободително движење и во историјата на ВМРО.