Александар Протогеров е роден на 23 февруари 1867 година во Охрид.
Основното образование го стекнал во родниот град, а школувањето го продолжил во Софија, каде што во 1887 година завршил Воено училиште. Како доброволец учествувал во Српско-бугарската војна во 1885 година.
Бил член на Врховниот македонски комитет (ВМК), а како војвода дејствувал во Горноџумајско и учествувал во Илинденското востание. Во 1911 година бил избран за резервен член на Централниот комитет на ВМОРО.
За време на Балканските војни бил член на Штабот на Македонско-одринското ополчение. Во текот на Првата светска војна ја извршувал должноста заменик-началник на Македонската воено-инспекциска област и бил унапреден во чин генерал-лајтнант на бугарската армија.
По завршувањето на војната, заедно со Тодор Александров и Петар Чаулев бил член на Централниот комитет на ВМРО. Бил еден од потписниците на Мајскиот манифест.
Убиен е на 7 јули 1928 година во Софија од егзекутор на ВМРО.
Александар Протогеров останува значајна личност во македонското револуционерно движење од почетокот на XX век и еден од истакнатите раководители на ВМРО во меѓувоениот период.