Натамошното ширење и организационо изградување на ВМРО наметнало потреба од одржување нов конгрес, на кој требало да се разрешат одредени прашања што се појавиле во дејствувањето на Организацијата.
Конгресот се одржал во Солун во летото 1896 година. На него за првпат учествувале најистакнатите дејци на Организацијата: Пере Тошев од Битола, Христо Поп Коцев од Одрин, Кирил Прличев од Воден, Христо Матов од Скопје, како и солунските дејци Даме Груев, д-р Христо Татарчев, Ѓорче Петров, Иван Хаџи Николов, д-р Антон Димитров, Петар Поп Арсов и Гоце Делчев.
Со работата на Конгресот претседателствувал д-р Христо Татарчев, претседател на Централниот комитет.
Солунскиот конгрес од 1896 година донел одлука Организацијата да го носи името Тајна македонско-одринска револуционерна организација (ТМОРО). Со тоа била потврдена веќе постојната состојба по вклучувањето на Одринско во револуционерната мрежа и неговото определување како составен дел од идната автономна држава.
Поради проширувањето на револуционерната дејност била извршена и нова организациона поделба. Биле формирани седум револуционерни окрузи: Солунски, Битолски, Скопски, Штипски, Струмички, Серски и Охридски. Посебен статус добиле Прилепскиот и Цариградскиот револуционерен комитет, кои имале право непосредно да комуницираат со Централниот комитет.
Конгресот донел одлука да се прекинат контактите со проегзархистичката група и таа да биде известена дека во Организацијата може да се влегува само индивидуално. Организацијата останала отворена за сите што ги прифаќале нејзините програмски цели и ги почитувале нејзините акти.
Посебно внимание било посветено на односите со Врховниот комитет во Софија, формиран во 1895 година. Конгресот оценил дека отворен судир со него би ги трошел силите на Организацијата и би го забавил развојот на македонското ослободително движење.
На Конгресот, Гоце Делчев бил избран за задграничен претставник на Организацијата, а Ѓорче Петров за втор задграничен претставник со седиште во Софија.
Централниот комитет располагал со свој печат, амблем и знаме, познати само на окружните и околиските комитети. Подредените комитети биле должни редовно да го известуваат Централниот комитет за состојбите во Организацијата и да доставуваат месечни извештаи.
За одржување на врските бил организиран систем на тајна пошта, а безбедносните задачи ги извршувала тајна полиција која им стоела на располагање на комитетите.
Конгресот донел одлука и за создавање постојани вооружени сили. Околиските комитети биле задолжени да формираат вооружени чети, чии задачи биле утврдени со посебен правилник.
Биле предвидени и казнени одредби за сите што му нанесувале штета на револуционерното дело. Надлежен орган за нивно извршување бил месниот комитет, а казните се спроведувале со согласност од Централниот комитет.
Сите овие организациски решенија биле внесени во новиот Устав на Организацијата, кој во текот на 1896 година, по овластување на Конгресот, го изработиле Гоце Делчев и Ѓорче Петров.
Солунскиот конгрес од 1896 година означил почеток на нова етапа во развојот на ВМРО – нејзино прераснување во масовна револуционерна организација со изградена структура што ја опфатила целата територија на Македонија и Одринско.