Одлуките на Берлинскиот конгрес македонскиот народ ги дочека со бран на разочарување, огорчување и силен револт. Наместо ослободување, Македонија повторно останала под османлиска власт, што предизвикало организирање на вооружен отпор.
Подготовки за востанието
На востанието му претходело собрание на околу 50–60 поистакнати Македонци од македонската емиграција во Бугарија, кои биле во контакт со егзархиските кругови. Меѓу нив биле Васил Диамандиев, Методи Кусев, Димитар Карамфилович, Коста Шулев, Димитар Македонски и други. Под формата на добротворен комитет за помош на бегалците од Македонија започнале подготовки за организирање востание. Во текот на август 1878 година кон нив се приклучил и охридскиот митрополит Натанаил.
Истовремено, во Пловдив, под раководство на Стефан Стамболов, бил формиран комитетот „Единство“, под чија контрола биле ставени сличните комитети во Бугарија.
Организирањето на вооружените акции во Македонија му било доверено на митрополитот Натанаил Охридски. Под негова команда се нашле голем број поранешни македонски доброволци. По обемните подготовки, во септември 1878 година бил направен обид од реонот на Ќустендил да се уфрли чета во Македонија, но без успех.
Една од првите задачи на Натанаил била воспоставување врска со водачите на внатрешното движење, особено со дедо Иљо Малешевски и Димитар Поп Георгиев – Беровски. По советувањата во Рилскиот манастир на 8 септември 1878 година, а потоа и со раководителите на локалните чети во Горна Џумаја, било решено сите чети да се обединат под команда на војводата Стојан Карастоилов од селото Старчишта, Неврокопско. Истовремено било одлучено востанието да започне во реонот на Кресненската Клисура.
Почеток на востанието
Востанието започнало на 5 октомври (стар стил) 1878 година со напад на околу 400 востаници врз турскиот гарнизон во Кресненската Клисура. По осумнаесетчасовна борба бил заробен целиот турски гарнизон од 119 војници и двајца офицери, а биле ослободени селата Влахи, Оштава и Ново Село.
По овој успех востанието брзо се проширило по двете страни на реката Струма, при што биле ослободени селата Мораска, Брезница, Будилци и Сливница. Востаниците стигнале во непосредна близина на Берово и Петрич, додека друга група го блокирала Мелник.
Проширување на востанието
Во првите десетина дена востанието ги опфатило Џумајската, Мелничката, Петричката и делови од Демирхисарската и Пехчевската околија. Во почетокот на ноември борбите се прошириле и во Разлошката околија.
Џумајската околија, која практично била напуштена од турската војска поради присуството на руските сили во Горна Џумаја, претставувала главна оперативна база на востаниците. Во првата половина на октомври биле ослободени големи делови од Мелничката, Петричката и Пехчевската околија, а со сигурност било ослободено и Берово.
Со проширувањето на борбите во Разлошко биле ослободени уште седум населени места, така што вкупно биле ослободени 54 населени места со околу 32.000 жители.
Цели и организација
Со развојот на востанието постепено се оформувале и неговите политички цели. Раководството ги изработило „Правилата на Македонскиот востанички комитет“, документ што претставува вистинска национално-политичка програма. Во него биле определени карактерот и суштината на востанието – борба за самостојно ослободување и создавање сопствена македонска држава.
Востанието било пречекано со големо воодушевување меѓу македонскиот народ, како во Македонија така и меѓу емиграцијата. Приливот на доброволци бил толку голем што недостигало оружје. Димитар Поп Георгиев – Беровски барал две до три илјади пушки, но добивал само ограничени количества, што довело до првите несогласувања со комитетот „Единство“.
Внатрешни судири
Со успесите на востанието започнале и судирите меѓу раководството на востанието и претставниците на комитетот „Единство“. Востанието постепено преминало во рацете на внатрешните водачи, што не било прифатливо за комитетот.
Во обид повторно да воспостават контрола, претставниците на комитетот го уапсиле Димитар Поп Георгиев – Беровски, а војводата Стојан Карастоилов бил ликвидиран. Овие настани предизвикале сериозна криза во востаничките редови. Искористувајќи ја меѓусебната поделба, османлиската војска ја повратила ослободената територија на левиот брег на Струма.
На 8 ноември 1878 година, по наредба на комитетот „Единство“, бил нападнат Банско во Разлошката Котлина. Иако турската војска била потисната во првиот напад, востаниците не успеале да ја задржат контролата над котлината и по девет дена акцијата пропаднала.
Поради опасноста востанието целосно да се распадне, Натанаил повторно го вратил Беровски во реонот на Кресна. Тој организирал востаничка власт во Каршијак, но наскоро повторно бил уапсен од агентите на комитетот „Единство“ и трајно отстранет од востанието.
Задушување на востанието
Кон крајот на април 1879 година османлиската војска повторно ја зазела целата слободна востаничка територија. До крајот на мај биле распуштени и четите што се наоѓале на територијата на Бугарија.
Во задушувањето на востанието значајна улога имале и големите сили, особено Англија, која преку материјална помош на Османлиската Империја придонела за неговото ликвидирање.
Историско значење
Иако Кресненско-Разлошкото востание било задушено, тоа претставува прв голем организиран вооружен отпор на македонскиот народ по Берлинскиот конгрес. Востанието ја потврдило желбата за слобода и самостојност, ја афирмирало идејата за создавање сопствена македонска држава и оставило силно влијание врз понатамошниот развој на македонското револуционерно движење. Неговото искуство претставувало важна основа за создавањето на Внатрешната македонска револуционерна организација (ВМРО) во 1893 година.