Пере Тошев е роден во 1865 година во Прилеп.
Основното образование го стекнал во родниот град, а во 1882 година се запишал во Солунската машка гимназија. Во 1884 година бил исклучен од училиштето поради учество во ученички бунт против егзархиските власти. Истата година го завршил шестиот клас во Пловдивската гимназија.
Од 1892 година работел како учител во Прилеп. По создавањето на ВМОРО во 1893 година го формирал првиот револуционерен комитет во Прилеп, со што станал еден од пионерите на организациското ширење на револуционерното движење во Македонија.
Во периодот 1893–1894 година учителствувал во Скопје, каде што исто така формирал револуционерен комитет. Потоа работел во Битола, каде тесно соработувал со Ѓорче Петров и Даме Груев.
Во 1896 година бил преместен во Солун како учител во Егзархиската гимназија. Од 1898 година работел како училишен инспектор во Солунскиот санџак.
Во периодот од 1898 до 1901 година бил член на Централниот комитет на ВМОРО и се вбројувал меѓу највлијателните дејци на Организацијата.
Во јануари 1901 година бил уапсен заедно со останатите членови на Централниот комитет. Осуден бил на 101 година затвор и испратен на заточение во Подрум-Кале во Мала Азија.
По амнестијата во 1902 година се вратил во Македонија и веднаш се вклучил во револуционерната работа. За време на Илинденското востание активно учествувал во подготовките и дејствијата во Мариовскиот револуционерен реон, со чија работа раководел.
Во 1904 година бил делегат на Прилепскиот конгрес, а на Рилскиот конгрес во 1905 година бил прифатен Правилникот на ТМОРО, изработен од него. На истиот конгрес повторно бил избран за член на Централниот комитет.
По Младотурската револуција во 1908 година се спротивставил на идејата за легализирање на Организацијата, сметајќи дека револуционерната борба треба да продолжи.
Во периодот 1910–1911 година повторно работел како училишен инспектор во Солунско.
Пред Првата балканска војна заминал во Софија на лекување. По потпишувањето на српско-бугарскиот договор од 29 февруари 1912 година, со кој била предвидена поделба на Македонија, решил да се врати во татковината.
На пат кон Прилеп, на 4 мај 1912 година, кај Дреновската клисура западнал во турска заседа и бил убиен.
Пере Тошев останал запаметен како еден од најистакнатите организатори на ВМОРО, член на нејзиниот Централен комитет и еден од најдоследните борци за слободата и единството на Македонија.