По одржувањето на окружните конгреси во 1905 година и заземањето ставови по најважните прашања за иднината на Организацијата, биле создадени услови за свикување на Општ конгрес на ВМРО. Сите револуционерни окрузи биле согласни дека е неопходно да се одржи конгрес на кој ќе се утврди понатамошната насока на дејствување на Организацијата по Илинденското востание.
На советувањето на делегатите во Софија кон крајот на септември 1905 година било решено Конгресот да се одржи во Рилскиот манастир, на безбедна територија во близина на границата со Македонија. Делегатите од Серскиот револуционерен округ, предводени од Јане Сандански, се залагале Конгресот да се одржи во Македонија, но мнозинството го прифатило предлогот за Рилскиот манастир.
Конгресот започнал со работа во почетокот на октомври 1905 година и траел речиси еден месец. На него учествувале 22 делегати од сите револуционерни окрузи на ВМРО. За претседател на Конгресот бил избран Даме Груев, а за секретар Аргир Манасиев.
На дневен ред биле поставени повеќе значајни прашања:
- извештаи за состојбата во револуционерните окрузи;
- идната дејност на Организацијата;
- организациското уредување;
- судските, финансиските и културно-просветните прашања;
- печатот и револуционерната литература;
- односот кон балканските пропаганди, Егзархијата, Врховниот комитет и различните струи во Организацијата;
- тактиката на ВМРО;
- извештајот на Централниот комитет и Задграничното претставништво.
На Конгресот до израз дошле различните погледи за идното уредување на Организацијата. Даме Груев се залагал за обновување на централизираното раководење, додека Пере Тошев настапил со предлог за децентрализација и поголема изборност. Делегатите од Серскиот, Струмичкиот и Солунскиот округ барале уште поширока автономија на револуционерните окрузи.
По долги расправи било прифатено компромисно решение, најблиско до ставовите на Пере Тошев. Овие принципи биле вградени во новите основни акти на Организацијата – Уставот и Правилникот.
Конгресот избрал нов Централен комитет во состав:
- Даме Груев,
- Пере Тошев,
- Тодор Поп Антов.
За членови на Задграничното претставништво биле избрани:
- Ѓорче Петров,
- Димитар Стефанов,
- Петар Поп Арсов.
За редактор на официјалниот орган на ВМРО – „Револуционерен лист“ бил избран Димо Хаџи Димов.
Една од најзначајните одлуки била Организацијата отсега официјално да се именува како Внатрешна Македонско-Одринска Револуционерна Организација (ВМОРО), наместо дотогашниот назив во кој се користел и зборот „тајна“.
Конгресот остро ги осудил пропагандите и вооружените чети на соседните балкански држави, оценувајќи дека тие претставуваат сериозна закана за автономното ослободително движење во Македонија. Посебно било истакнато дека ВМРО нема да го толерира мешањето на Врховниот комитет во внатрешните работи на Организацијата.
Рилскиот конгрес извршил значајни промени во внатрешното уредување на ВМРО и воспоставил нова организациска рамка заснована врз поширока самостојност на револуционерните окрузи. Со усвојувањето на новиот Устав и Правилник било обновено организациското единство и биле поставени основите за понатамошното дејствување на Организацијата.
Рилскиот конгрес од 1905 година претставува еден од најзначајните собири во историјата на ВМРО, бидејќи ги определил нејзините организациски принципи и политички насоки во периодот по Илинденското востание.