Јордан Пиперката е роден на 23 јуни 1870 година во селото Козица, Кичевско. Не успеал да го заврши образованието во Битолската гимназија и уште млад заминал за Софија, каде што го изучил фурнаџискиот занает. Повеќе години ајдукувал низ Бугарија, стекнувајќи искуство и углед како борец против неправдите.
Во 1897 година се вратил во Кичевско, каде што воспоставил врски со Македонската револуционерна организација преку четата на Дуко Тасев. По убиството на Мухарем-бег, во кое учествувал и самиот, бил принуден повторно да замине во Бугарија.
Во Македонија повторно се вратил во јуни 1900 година со четата на Марко Ацев. Набргу потоа формирал агитационо-организаторска чета составена од четири лица, која работела на ширење и зацврстување на револуционерната мрежа во регионот.
Во 1901 година бил комита во четата на Никола Русински, а истата година бил назначен за војвода на Демирхисарскиот револуционерен реон. До почетокот на Илинденското востание дејствувал во Крушевско, Кичевско и Демирхисарско, организирајќи го населението и подготвувајќи го за вооружена борба.
На Смилевскиот конгрес, заедно со Димитар Матлиев, бил претставник на Демирхисарскиот револуционерен реон. За време на Илинденското востание командувал со околу 900 востаници. Со нив го нападнал албанското село Прибилци, а потоа водел жестоки борби кај месноста Ѓурчаица во Кичевско.
По палењето на селото Цер, заминал со уште тројца четници за да ја испита состојбата во изгореното село. На 10 август 1903 година, во селото Цер, Битолско, паднал во турска заседа и загинал во нерамна борба.
Јордан Пиперката останува запаметен како еден од најхрабрите илинденски војводи, чија пожртвуваност, борбен дух и верност кон идеалите на македонското ослободително движење го вбројуваат меѓу најистакнатите револуционери од неговото време.