Марко Бошнаков е роден во 1878 година во Охрид.
Основното образование го завршил во родниот град, а школувањето го продолжил во Солунската машка гимназија. Уште како ученик се запознал со идеите на Македонската револуционерна организација и во 1900 година се вклучил во редовите на ВМОРО.
Додека учел во Солунската машка гимназија станал член на револуционерниот кружок „Гемиџии“. Активно учествувал во подготовките за Солунските атентати во 1903 година.
Во рамките на подготовките за акциите, изнајмил дуќан спроти Отоманската банка, од каде што бил прокопан тунел под темелите на банката. За време на атентатите, заедно со Васил Пингов се обидел да ги минира Топхането и хотелот „Вардар“. Во престрелката со турскиот аскер загинал Васил Пингов, додека Марко Бошнаков бил заробен.
По атентатите биле уапсени и Павел Шатев, Георги Богданов и Марко Арсов. На 24 мај 1903 година сите биле осудени на смрт, но подоцна казната им била заменета со доживотен затвор.
Марко Бошнаков бил испратен на издржување на казната во далечната либиска провинција Фезан. Таму, по тешките затворски услови, заболел од мочуришна треска и починал на 14 февруари 1908 година во Мурзук.
Според сведоштвата на неговите соборци, Павел Шатев успеал да ја пренесе неговата глава до Охрид, каде што била предадена на семејството и погребана на гробиштата кај црквата „Св. Богородица Перивлепта“.