Крсте Трајков е роден во селото Крушје, Ресенско, во 1865 година. Рано се вклучил во национално-ослободителната борба на македонскиот народ, заедно со својот брат Иван Трајков, кој бил убиен во 1905 година.
Во почетокот дејствувал како четник во Охридско, а потоа бил назначен за околиски војвода во Преспа.
За време на Илинденското востание со својата чета учествувал во повеќе борби против турскиот аскер и башибозукот. Познати се неговите судири кај селата Крушје, Лева Река, Кривени и Болно. Во борбата кај селото Волкодери бил тешко ранет, но успеал да се извлече од непријателскиот обрач.
По востанието останал во Македонија и продолжил со револуционерната дејност. Во 1904 година бил во четата на Спиро Олчев, а од 1905 година бил околиски војвода во Ресенско. Во 1906 година се сретнал со Алберт Сониксен, во време кога како „сарафист“ бил во конфликт со Битолскиот комитет.
За време на Хуриетот се одѕвал на повикот на Младотурците и лично дошол во Битола за да се сретне со Нијази-бег.
Во Првата балканска војна во 1912 година бил војвода на партизанска чета, а подоцна учествувал и во Втората балканска војна. По поделбата на Македонија во 1913 година, повторно се вклучил во револуционерната борба како ресенски војвода на ВМОРО.
Во 1919 година бил уапсен од српските власти и поминал три години во затвор. По ослободувањето заминал во Бугарија.
Во 1923 година емигрирал во Соединетите Американски Држави, каде учествувал во организирањето на Македонската патриотска организација. Во почетокот на 1930 година се вратил во Бугарија и се приклучил кон михајловистичкото крило на ВМРО. По државниот преврат во 1934 година бил уапсен од новата власт.
По воспоставувањето на бугарската власт во Македонија во 1941 година се вратил во Ресен и бил поставен за градоначалник на градот.
Починал по тешко боледување на 7 јануари 1942 година во Ресен.
Неговиот син Борис Трајков бил убиен кон крајот на 1944 година од новата комунистичка власт на островот Голем Град во Преспанското Езеро.