Роден е во Битола во 1883 година.
Бил познат битолски револуционер и терорист на Македонската револуционерна организација. Како четник и извршител на специјални задачи, по наредба на Организацијата се справувал со повеќе гркомански дејци во Битола и околината.
Во 1906 година добил задача да го ликвидира србоманот Коста Начов од Ресен. Бојан Панајотов успешно ја извршил задачата сред бел ден.
Веднаш по извршувањето на акцијата бил опколен од турските власти. За да не падне жив во нивните раце и да не ја загрози Организацијата, извршил самоубиство.
Бојан Панајотов останал запаметен како еден од најсмелите револуционери од Битола, кој го жртвувал својот живот за револуционерното дело.