Антон Кецкаров е роден на 12 декември 1865 година во Охрид.
Основното образование го стекнал во Охрид и Струга, а средното образование го завршил во Солунската машка гимназија. По завршувањето на школувањето работел како учител во Охрид, Битола, Солун и Одрин.
Во редовите на Внатрешната Македонска Револуционерна Организација (ВМРО) се вклучил уште од нејзините почетоци. Од 1899 година бил еден од раководителите на Организацијата во Охрид.
Во 1903 година бил делегат на Смилевскиот конгрес, каде што бил избран за началник на Охридскиот револуционерен реон.
За време на Илинденското востание бил член на Горското началство во Охридскиот реон и дејствувал со чета во областа Дебарца, учествувајќи во востаничките акции и борби против османлиската власт.
По задушувањето на востанието работел како учител во Бугарија, а по Младотурската револуција повторно се вратил во Македонија, каде што учителствувал во Битола и Скопје.
Бил активен член на Бугарските конституциони клубови, Македонскиот национален комитет, Илинденската организација и Македонскиот научен институт во Софија.
Во 1941 година се вратил во родниот Охрид, каде што ги поминал последните години од својот живот.
Починал на 30 јануари 1945 година во Охрид.
Антон Кецкаров припаѓа на генерацијата просветни и револуционерни дејци кои преку учителската работа и активностите во Организацијата дале значителен придонес во македонското национално-ослободително движење.